Junto con Jorge Rafael Videla, fue uno de los dos exdictadores latinoamericanos que terminó encarcelado, aunque con la diferencia, respecto al argentino, de no poder beneficiarse con ningún tipo de indulto. De cualquier manera, ningún presidente hubiera querido darle este beneficio. Para la izquierda boliviana García Meza constituía el más cruel enemigo, y para la derecha el símbolo del barbarismo político que había que dejar en el pasado.
El día del golpe “quirúrgico” que dio con asesoramiento de la dictadura militar argentina, los paramilitares que fueron a detener a los dirigentes democráticos —que se habían reunido para declarar una huelga general— asesinaron al más carismático líder del socialismo nacional, Marcelo Quiroga Santa Cruz, y a otros dos revolucionarios. Por una casualidad feliz, el principal líder izquierdista, Hernán Siles, no estaba en la reunión y logró escapar del país.
El juicio contra García Meza comenzó a tramitarse justamente durante el Gobierno democrático de Siles (1982-1985) y se aprobó en el siguiente Gobierno democrático. Irónicamente, formaba parte de esta Administración el partido de otro exdictador reconvertido a la democracia, Hugo Banzer, al quien se acusó reiteradamente de haber apoyado disimuladamente a García Meza y de haberle pedido que asesinara al socialista Quiroga, pues este intentaba iniciar un juicio en su contra por delitos cometidos durante su septenio dictatorial (1971-1978).
A causa de la severa represión, durante el Gobierno de García Meza solo se quedaron en Bolivia los miembros de la generación más joven y menos “vista” de la izquierda, entre ellos los componentes de la dirección clandestina del Movimiento de la Izquierda Revolucionaria (MIR), que García Meza y su truculento ministro del Interior, Luis Arce Gómez (actualmente en prisión), detectaron y asesinaron el 15 de enero de 1981, mientras celebraban una reunión en una “casa de seguridad” de la calle Harrington, en el barrio paceño de Sopocachi. Allí murieron acribillados Ramiro Velasco Arce, José Luis Suárez, José Reyes, Ricardo Navarro, Artemio Camargo, Arcil Menacho, Gonzalo Barrón y Jorge Baldivieso. La única sobreviviente fue también la única mujer convocada a esta reunión, Gloria Ardaya, quien logró esconderse bajo una cama.
La “masacre de la calle Harrington” fue el peor crimen de un gobierno brutal, que ni siquiera contaba con el apoyo del total de las Fuerzas Armadas, y que sumaba a sus objetivos represivos y anticomunistas su inocultable afán de repartir entre sus dirigentes la hacienda pública. Después del asesinato de los miembros del MIR y el descubrimiento de los nexos de los militares bolivianos con el narcotráfico por parte del periodista estadounidense Michael Wallace, en el programa 60 Minutos de la televisión de su país, los militares antigarciamezistas proliferaron y García Meza tuvo que renunciar.
Luego de la vuelta a la democracia y la instauración del juicio en su contra, el también ex comandante del Ejército escapó al Brasil, donde fue encontrado en 1994. Brasil permitió su extradición para que cumpliera la condena establecida por la Justicia boliviana, que debía purgarse en una prisión de alta seguridad pero que, al menos en la última década, se cumplió en un hospital militar.